O rio São Francisco nasce na serra da Canastra, em São Roque de Minas (MG), a 1.200 metros de altitude, aproximadamente, e desemboca no oceano Atlântico entre Sergipe e Alagoas, depois de percorrer 2.830 quilômetros banhando cinco estados e recebendo 168 afluentes (90 pela margem direita e 78 pela esquerda). Chamado pelos indígenas de Opará, que significa algo como rio-mar, ele foi descoberto em 04 de outubro de 1501 (data em que São Francisco é comemorado) pelos navegadores Américo Vespúcio e André Gonçalves, e por isso foi batizado com esse nome.
Por volta de 1545, Duarte Coelho Pereira, primeiro donatário da capitania de Pernambuco, subiu o seu curso e chegou a um local onde existia “uma rocha gigantesca”, deixando ali “algumas famílias que com ele vieram, índios civilizados e portugueses, originando assim um arraial fortificado”. Alguns anos depois de sua morte, em 1554, seu filho Duarte Coelho de Albuquerque, em 1560, pretendeu conquistar novas terras pensando em expandir o povoamento da capitania, e para isso chefiou uma bandeira que penetrou por alguns cursos fluviais e subiu o rio São Francisco. O registro dessa passagem histórica diz que “A sete léguas da foz, no ‘penedo’ (formação rochosa) que aí se eleva à margem do rio, fundou uma feitoria para vigilância do gentio”, a qual foi a origem da atual cidade do Penedo, no estado de Alagoas.
Antes dele, porém, diversas expedições se aventuraram rio acima a partir de 1534, conseguindo chegar à região onde hoje se ergue a cidade de Bom Jesus da Lapa. Em março de 1549, quando o primeiro governador-geral do Brasil (Tomé de Sousa) chegou à Bahia com ordens para explorar o São Francisco, entregou essa tarefa ao espanhol Francisco Bruza Espinosa, que levou consigo o jesuíta João de Azpilcueta Navarro, autor de carta onde relata os detalhes da viagem. A ação de colonização dessas terras aconteceu muitos anos depois, em 1690, quando Antônio Guedes de Brito se estabeleceu na serra Geral, hoje município de Jacarací, Bahia, dando origem a um povoado próximo chamado Lençóis do Rio Verde, em Minas Gerais, que muito tempo depois ganharia o nome de Espinosa em homenagem ao desbravador daquele trecho do sertão.
Nos anos seguintes muitas incursões foram feitas ao vale do São Francisco, como a de Vasco Rodrigues de Souza, em 1561; de Marco de Azevedo, em 1575; João Coelho de Souza, em 1583; Sebastião Álvares, em 1587; Gaspar Dias de Ataíde e Francisco Caldas, em 1588; Cristóvão de Barros, em 1590; Melchior Dias Moreira, em 1595, além das entradas e bandeiras que nos séculos 17 e 18 usaram o rio como caminho e rumo para penetrar no interior, dando a ele, em conseqüência disso, a alcunha de rio da integração nacional. Seu outro nome, rio dos currais, decorreu do fato dele ter servido de trilha para fazer descer o gado vindo do Nordeste até Minas Gerais, no início do século 18, quando o ouro das terras mineiras atraía milhares de pessoas desejosas de enriquecer nesse tipo de exploração.
O Alto São Francisco só foi colonizado a partir da descoberta de ouro em fins do século 17, no sítio onde hoje se ergue Ouro Preto, o que proporcionou o povoamento da região. Em 1720, a descoberta do metal precioso em Goiás intensificou sua ocupação, resultando na fundação de inúmeras cidades. Já o mesmo não acontecia no Baixo São Francisco, pois a fixação de gente em suas terras era prejudicada pela formação de aldeamentos de escravos fugitivos dos engenhos. Já no Médio São Francisco predominava a Casa da Torre, de Garcia de Souza d’Ávila, filho de Tomé de Sousa, que em 1573 se apossou de mais de 70 léguas entre o rio São Francisco e o rio Parnaíba no Piauí. Alguns historiadores sustentam que ele possuía uma Carta de Sesmaria, pois era fidalgo, e foi graças a ela que avançou em direção ao São Francisco construindo a determinadas distâncias um curral e uma choupana, deixando ali, sob os cuidados de um casal de escravos, 20 novilhas e um reprodutor, tornando-se, assim, o primeiro latifundiário no vale do rio.
Com a descoberta do ouro em Minas Gerais, o rei de Portugal passou a temer seu contrabando pelo porto de Salvador, o que impediria a cobrança do quinto, e por isso proibiu pela carta régia de 1701, “quaisquer comunicações dos sertões baianos com as minas dos paulistas nos sertões mineiros”, ameaçando os infratores com severas penas. Com isso o Médio São Francisco estagnou, e dessa situação dizem os historiadores que “A região atravessou o século 19 em melancólico torpor, sacudida, apenas, pela curiosidade de alguns naturalistas botânicos e geógrafos que a visitaram, e pelo estrelejar da briga de bandos adversos, facções medievais com gibão encouraçado, perpetuando rixas familiares, generalizando com encontros intermitentes as questões domésticas dos senhores do rio”.
Por volta de 1800, a declinante indústria de mineração foi substituída pela agricultura, e com isso o rio São Francisco adquiriu grande importância econômica para os estados que atravessa, sendo hoje o maior responsável pela prosperidade de suas áreas ribeirinhas, onde cidades como Petrolina, em Pernambuco, e Juazeiro, na Bahia, experimentaram crescimento e progresso devido à agricultura irrigada. Essa região é hoje a maior produtora de frutas tropicais do país, recebendo atenção especial, também, a produção de vinho, em uma das poucas regiões do mundo que obtêm duas safras anuais de uvas.
A bacia do São Francisco é a mais extensa das exclusivamente brasileiras. Em Minas Gerais o rio recebe pela margem direita os seguintes afluentes: Pará, Paraopeba, Velhas e Jequitaí; e pela margem esquerda o Bambuí, Indaiá, Borrachudo, Abaeté, Paracatu e Urucuia. Na Bahia, recebe o Carinhanha, Corrente e Grande, na margem direita, e Rãs, Santo Onofre, Pará-Mirim, Jacaré e Salitre, na margem esquerda; Em Pernambuco, os rios Ponta, Jacaré, Jequi e Pajeú; Em Sergipe, os rios Ouro Fino e Betume. Das águas geradas em Minas Gerais, grande parte deve-se aos afluentes que se juntam a ele abaixo de Três Marias, principalmente no período das chuvas, quando os rios Abaeté, das Velhas, Urucuia e Paracatu exercem papel relevante em quantidade de água. A área total de drenagem do rio é de 641 mil km2.
A água do rio São Francisco é usada para a geração da energia elétrica que abastece o Nordeste e parte de Minas Gerais, o que é feito através das hidroelétricas de Três Marias, em solo mineiro, cujo lago é 8,7 vezes maior que a baía da Guanabara; de Sobradinho, na Bahia, que tem um reservatório cerca de 10 vezes maior que a mesma baía; de Xingó, também na Bahia, e do complexo de Paulo Afonso, entre Bahia e Alagoas, com energia gerada a partir da força das águas da cachoeira de Paulo Afonso, com 80 metros de altura. As águas também são aproveitadas na irrigação de diferentes tipos de lavoura, estimando-se que cerca de 1,5 milhões de hectares podem ser beneficiados com a aplicação de qualquer um dos diferentes sistemas empregados com essa finalidade.
O Rio São Francisco oferece condições naturais de navegação entre Pirapora-MG e PetrolinaPE/Juazeiro-BA, durante todo o ano, com variação de calado segundo o regime de chuvas, sendo transportados por ele principalmente cimento, sal, açúcar, arroz, soja, manufaturas e principalmente gipsita (gesso). Esse trecho é dividido em três partes: a) Pirapora a Pilão Arcado Velho, na Bahia, com 1015km de extensão e condições distintas entre os períodos de estiagem e cheia; b) Pilão Arcado Velho à barragem de Sobradinho, com 314km e excelentes profundidades; c) Sobradinho a Petrolina/Juazeiro, com 42km. Já no Baixo São Francisco a navegação é feita da cidade de Piranhas, em Alagoas, até a foz do rio, em 208km, mas apenas em caráter turístico.