O segundo trabalho exigido de Hércules pelo rei Euristeu, de Micenas, fez com que o herói grego se dirigisse ao pântano de Amione, em Lerna, região da Argólida, a fim de exterminar uma serpente medonha que lá habitava, um animal tão fantástico que, segundo a voz do povo, possuía de 7 a 10 cabeças, cada uma delas tendo a boca guarnecida com dentes que podiam estraçalhar qualquer coisa que mordessem.
Na verdade, elas eram nove, todas capazes não só de envenenar mortalmente, através do bafo e da mordida, os que cometiam a loucura de enfrentá-la, mas também de se regenerarem em uma ou duas novas cabeças, quando cortadas, sendo a central delas possuidora do dom da imortalidade. Todos conheciam essa criatura horrenda pelo nome de Hidra de Lerna, e sabiam que era irmã de Cérbero, o cão do inferno, de Ortro, o cão monstruoso de Gerion, e de Quimera, monstro com cabeça de leão, corpo de cabra, cauda de serpente e que vomitava chamas. Por todas essas terríveis e perigosas características que a serpente possuía, não havia quem não a temesse, e por isso evitasse passar por perto da região que ela escolhera para morar.
Sabedor do que o esperava, Hércules convidou o sobrinho Iolau para acompanhá-lo (este era filho de Íficles, irmão gêmeo do herói grego), e assim foram eles em busca do monstro que precisavam abater. Chegando ao pântano que procuravam, uma área plana e normalmente inundada, mas de abundante vegetação arbustiva, os dois sabiam que não precisariam esperar muito tempo para serem descobertos, e foi o que realmente aconteceu. Nem bem haviam se passado uns quinze minutos quando eles ouviram o barulho de que alguém ou alguma coisa se movimentava apressadamente e sem cuidado, a uma distância relativamente curta. Logo em seguida a figura Hidra surgiu em meio aos arbustos, com suas nove cabeças vasculhando os arredores, em todas as direções. Ao enxergá-los, a fera partiu incontinenti para o ataque, e aí começou a batalha.
Protegido pelos ramos da vegetação que mal o encobria, Hércules, brandindo a pesada espada que sua mão direita segurava com firmeza, conseguia evitar as investidas das nove cabeças que alternadamente procuravam mordê-lo, e quando alguma delas chegava mais perto, era logo decepada. Porém, mal ela caía ao chão, uma outra logo surgia em seu lugar, situação difícil que não poderia perdurar por muito tempo sob pena do monstro finalmente conseguir atingir o herói com seu hálito pestilento ou seu veneno poderoso. Por isso Hércules ordenou que Iolau preparasse uma tocha com ramos secos arrancados dos arbustos à sua volta, e quando isso foi feito, cada vez que o tio cortava uma das cabeças da hidra, o crescimento de outra era impedido porque o sobrinho do guerreiro imediatamente cauterizava a ferida feita na fera, evitando, assim, a regeneração.
Enquanto isso a ferra urrava de dor a cada amputação sofrida, mas na medida em que ia perdendo seu poder de responder aos ataques que recebia, mais fácil se tornava para Hércules agredi-la com rapidez e eficiência, até que finalmente ele conseguiu atingir a cabeça central da serpente com um golpe certeiro, e quando esta caiu no chão, o filho de Zeus imediatamente a enterrou e jogou sobre o buraco algumas pedras pesadas, para que dali em diante nenhum homem normal jamais conseguisse descobri-la. Pouco adiante, sem vida, jazia o corpo da fera que tanto apavorara o povo de Lerna, do que se aproveitou o semideus para molhar em seu veneno a ponta de suas flechas.
Durante a luta, quando a deusa Hera (Juno) percebeu que o monstro poderia ser derrotado por Hércules, mandou um caranguejo morder o pé do herói, mas este o esmagou com o pé. Em algumas versões desse episódio mitológico a deusa, em reconhecimento ao sacrifício da Hidra e o caranguejo, os colocou entre as estrelas, formando duas constelações vizinhas, a Hidra e Câncer, sendo que a primeira, a maior das constelações conhecidas atualmente, já estava presente no catálogo estelar de Ptolomeu, elaborado no século 2.
A mais antiga representação deste segundo trabalho de Hércules aparece em uma fivela de bronze, do final do século 8, que mostra Hércules, Iolau, a Hidra e o caranguejo. Também foram achados vasos em Corinto, Atenas e Lacônia, dos dois séculos seguintes, mostrando variações dessa mesma cena, principalmente no que diz respeito às numerosas cabeças da Hidra.