De 1560 a 1563, período em que os franceses assolavam as costas brasileiras, os índios foram instigados por estes a se unirem em uma coligação capaz de sustentar guerra contra os colonos portugueses. Os indígenas estavam indecisos sobre isso, mas quando os habitantes de Piratininga, atual cidade de São Paulo, reuniram as poucas forças que tinham para enfrentar os tamoios, pensando em terminar de vez com os ataques que sofriam, sendo então quase exterminados por estes, essa situação se definiu de vez.
As outras tribos, até então neutras, ficaram entusiasmadas com o acontecido, aderiram aos vencedores e decidiram atacar a povoação, mas o índio Tibiriçá, que fora batizado com o nome de Martim Afonso, achou por bem desertar e contar aos moradores o que estava sendo tramado contra eles. O resultado dessa deserção foi que os portugueses se prepararam convenientemente para o confronto, colocaram sob a chefia de Tibiriçá todos os índios convertidos que se encontravam nas redondezas, e assim derrotaram os tamoios e seus aliados quando eles investiram contra as suas fortificações.
Mas aquela derrota inesperada não desanimou os nativos, que continuaram mantendo inalteradas as suas intenções hostis. Diante dessa situação, o governador Mem de Sá enviou alguns barcos costeiros para combatê-los, quando então aconteceu uma violenta batalha nas proximidades do rio chamado Quiraré. Durante o violento confronto que se desenrolava, os padres jesuítas Manuel da Nóbrega e Anchieta resolveram procurar os índios e tentar firmar com eles um acordo de paz que pusesse fim à luta. Recebidos pelos caciques, as negociações foram realizadas na praia de Iperoig, em Ubatuba, e durante elas Anchieta ficou como refém, enquanto Cunhambebe e outros chefes indígenas iam a São Paulo fazer consultas. Foi nas areias dessa praia que, segundo uma tradição, o padre escreveu os cinco mil versos latinos do seu poema à Virgem Maria (ilustração acima). As negociações terminaram com a confraternização entre colonos e nativos.
Sobre os fatos que antecederam esse importante acontecimento na história do Brasil, o site da Fundação de Arte e Cultura (Fundart) da cidade de Ubatuba, São Paulo, publica o seguinte texto:
“A Confederação dos Tamoios foi a reunião dos chefes índios da região do litoral norte paulista e sul fluminense que ocorreu entre 1554 e 1567. O principal motivo da Confederação dos Tamoios, que reuniu diversos caciques, foi a revolta ante a ação violenta dos portugueses contra os índios tupinambás, causando mortes e escravidão. Na língua dos tupinambás, 'Tamuya' quer dizer 'o avô, o mais velho, o mais antigo'. Por isso, essa confederação de chefes chamou-se Confederação dos Tamuya, que os portugueses transformaram em Confederação dos Tamoios. Cunhambebe foi eleito chefe e junto com Pindobuçú, Koakira, Araraí e Aimberê resolveu fazer guerra aos portugueses. O problema entre tupinambás e portugueses tem início com o casamento de João Ramalho, português e braço direito de Brás Cubas, governador da capitania de São Vicente, com a filha de Tibiriçá, chefe dos índios guaianazes. Desse casamento nasceu uma aliança entre brancos e guaianazes contra as outras nações indígenas" (na ilustração, Anchieta e Nóbrega na Cabana de Pindobuçu, tela de Benedito Calixto, acervo Museu Paulista).
"Quando a nação tupinambá foi atacada, o chefe da aldeia de Angra dos Reis, Cunhambebe, investiu contra as propriedades portuguesas. Enquanto isso, Brás Cubas continuava a escravizar índios e aprisionou um chefe tupinambá, Kairuçu, e seu filho Aimberê. Kairuçu morreu dos maus tratos recebidos e Aimberê conseguiu organizar uma fuga em massa das propriedades de Brás Cubas. Livre do cativeiro, Aimberê encontrou-se com Pindobuçu, da aldeia tupinambá do Rio de Janeiro, Cunhambebe, da aldeia de Angra dos Reis, Koakira, da aldeia de Ubatuba e Agaraí, chefe dos guaianases, e ainda com os índios goitacases e aimorés. Assim, em ataque aos portugueses, foi formada a Confederação dos Tamoios, chefiada por Cunhambebe".
"Nessa ocasião chegaram os franceses ao Rio de Janeiro. Villegaignon, o chefe francês, aliou-se aos tupinambás para garantir sua permanência no Rio de Janeiro e ofereceu armas a Cunhambebe para lutar contra os portugueses. Outra nação indígena, Termiminó, aliou-se aos portugueses contra os tupinambás e os franceses, acirrando as disputas. Um surto de doenças, contraído pelo contato com o branco, dizimou centenas de índios, entre eles Cunhambebe. Aimberê foi escolhido o novo chefe e a luta continuou. Aimberê procurou o apoio de Tibiriçá e, juntos, combinaram lutar contra os portugueses num prazo de três luas. Acirrou-se assim a luta entre os tupinambás e seus aliados contra os portugueses”.